化合物骨格の選抜では、図2-1にあるように阻害するタンパク質のポケットの構造に適合した化合物を選んでいく必要があります。 また、適合の可能性が想定される形をいかに数多く取り揃えられるかが重要と考えております（図2-2）。
現在のところ、有用な化合物としてAlkaloid Compound Library Systemと名付けられた6骨格6000化合物（ACLS）からなるライブラリーを所有しており、 複数のターゲットに対しての有用性を確認しております。

図2-1 標的タンパク質に作用する化合物

図2-2 化合物ライブラリーのイメージ
（骨格は6種変化させている）

これまでの研究では、籠型骨格の微妙な構造の違い（側鎖の向きで5～10度）により、活性が大きく異なることがあります。
今まで、タンパク質間相互作用を阻害する化合物を見出すことは困難でした。
しかし、ACLSを用いれば相互作用ポケットに結合する化合物を得ることができます。 得られた釣り針としての化合物は側鎖構造を容易に変換でき、構造最適化を短期間で達成できます。
ペプチドと標的タンパク質の3次元構造が解明されている場合、ペプチドの構造を模倣したACLS化合物の活性を実際に調べることができます。 既に複数の共同研究によりこのアプローチを実施中であり、有用性を確認しております。